Obdobie rakúsko-uhorskej monarchie (1868 – 1918)
Mestské múzeum založil Bratislavský (Prešporský) okrášľovací spolok (Pozsonyer Verschönerungsverein). Stalo sa tak na podnet profesora reálky Jozefa Könyökiho (1829 – 1900), ktorý predniesol na zasadnutí spolku 1. júla 1868. Stal sa prvým kustódom múzea a túto funkciu zastával až do svojej smrti. Pri zrode inštitúcie stáli aj ďalšie osobnosti, ktorých význam presahoval lokálny rámec vtedajšieho mesta. Boli to najmä priekopník archeologického bádania v Uhorsku František Floridus Römer (1815 – 1889), mestský archivár a organizátor kultúrno-spoločenského života Ján Nepomuk Batka (1845 – 1917), ale aj historik Štefan Rakovský (von Rakovszky, 1832 – 1891), riaditeľ kráľovského katolíckeho vyššieho gymnázia Karol Polikeit (1849 – 1921) a mestský radca a policajný kapitán František Mottkó (de Mottkó Szent-Kereszt,1800 – 1891). Významnou mierou sa na formovaní základov múzea podieľal aj mešťanosta Henrich Justi (1804 – 1878), ktorý ho považoval za nenahraditeľný kultúrny fenomén. Jeho zásluhou čoskoro získalo tri najvzácnejšie historické miestnosti v Starej radnici. Zbierky tu boli sezónne sprístupnené verejnosti už od októbra 1869.
Skromné finančné prostriedky na činnosť múzea každoročne poskytoval Okrášľovací spolok. V roku 1889 sa múzeum dostalo pod odborný dohľad Krajinského inšpektorátu múzeí a knižníc v Budapešti. Odvtedy začalo dostávať pravidelnú ročnú podporu od štátu na nákup zbierok.
Základom zbierok sa stali predovšetkým dary osobností mesta či významných rodákov. Hodnotné kolekcie pribudli napríklad po zaniknutí streleckého spolku, po zrušení cechov a prispela aj katolícka cirkev. Akvizície sa členili spravidla do štyroch skupín: knižnica, archeológia, národopis a výtvarné umenie.
V roku 1896 sa múzeum prvýkrát prezentovalo aj mimo Bratislavy. Kolekciou svojich exponátov sa zúčastnilo miléniárnej výstavy v Budapešti, kde získalo veľkú bronzovú medailu.
Na prelome storočí začala práca v múzeu nadobúdať odbornejší charakter vďaka vtedajšiemu kustódovi profesorovi Augustínovi Helmárovi (1847 – 1912). Zameral sa na usporiadanie zbierok a vytvoril aj ich lístkový katalóg. Jeho nástupcom sa v roku 1904 stal profesor Ján Ev. Albrecht (1852 – 1925), v múzeu zotrval až do roku 1919. Za jeho pôsobenia bola v roku 1911 v tlači zverejnená prvá oficiálna koncepcia zbierkotvorného programu umeleckých zbierok.
Umiestnenie múzea v priestoroch Starej radnice sa ešte začiatkom 20. storočia považovalo za provizórium. Malo sa presťahovať do moderných priestorov v plánovanej novostavbe paláca kultúry na vtedajšom Justiho nábreží. K realizácii tohto plánu však nikdy neprišlo.
Vypuknutie 1. svetovej vojny negatívne zasiahlo aj do činnosti múzea, pretože kultúra sa ocitla na periférii záujmu – mesta i štátu. Rozpad Rakúsko-uhorskej monarchie a integrácia mesta do Československa nastolili hľadanie novej identity múzea.
Medzivojnové obdobie
Dovtedy spolkové múzeum prešlo pod správu mestského magistrátu a dostávalo pravidelnú finančnú dotáciu z mestského rozpočtu. Zásadná zmena nastala aj v jeho personálnom obsadení, v múzeu začali pracovať vysokoškolsky vzdelané kustódky Gizela Leweke-Weydeová (1894 – 1984), Oľga Wagnerová (1902 – 1976), neskôr aj Alžbeta Mayerová, vyd. Güntherová (1905 – 1973), jedna z priekopníckych postáv slovenskej umenovedy a múzejníctva. Profesionálna orientácia týchto troch kustódok sa odrazila v prehlbovaní historického a hlavne umeleckohistorického profilu múzea.
Ovídius Faust vypracoval návrh zásadnej reorganizácie inštitúcie a jej pretvorenia na múzeum vlastivedného typu. Pozornosť sa mala venovať hospodárskemu, politickému a kultúrnemu životu, stavebnému vývoju mesta, vývoju školstva, priemyslu i verejného života.
Oživenie akvizičnej činnosti nastalo až po roku 1923. Vďaka finančnej podpore mesta aj štátu sa v druhej polovici 20. rokov rozšírili možnosti nadobúdanie zbierok. Popri kúpach od súkromných majiteľov sa vo väčšej miere začali objavovať aj akvizície od starožitníckych firiem. Vedenie múzea i kustódi sa snažili o prísnejšiu selekciu predmetov a výraznejšiu orientáciu na mesto Bratislava. Už od polovice 20. rokov sa začala venovať pozornosť aj súdobému výtvarnému dianiu a oblasti moderného umeleckého priemyslu.
V 30. rokoch 20. storočia sa popri ďalšom dopĺňaní a obohacovaní už existujúcich zbierkových skupín (výtvarné umenie, umelecký priemysel, cechové pamiatky, numizmatika) objavil aj záujem o ďalšie oblasti (lekárnictvo, scénické divadelné návrhy). Viac pozornosti sa začalo venovať národopisným pamiatkam. A. Güntherová a O. Wagnerová sa zaslúžili o prvé odborné spracovanie bohatých zbierok múzea. Vyvrcholením ich práce bolo vydanie odbornou verejnosťou dodnes vyhľadávaného Katalogu Muzea mesta Bratislavy z roku 1933.
K prvému sprístupneniu zbierok v medzivojnovom období prišlo v roku 1926 v miestnostiach prvého poschodia Apponyiho paláca. V nasledujúcom roku múzeum sprístupnilo najreprezentatívnejšie miestnosti Starej radnice, o rok neskôr tu otvorilo ďalšiu miestnosť - tzv. Gemeindestube, v ktorej bola umiestnená bohatá zbierka zbraní. V roku 1930 sa významným medzníkom stalo otvorenie obrazárne na druhom poschodí Apponyiho paláca. V historicky prvej galerijnej expozície v meste boli prezentované diela starých majstrov i súdobých autorov (viac ako 300 exponátov), doplnené o predmety umeleckého remesla. V roku 1931 múzeum vo veži Starej radnice zriadilo „mučiareň“ s originálnymi i rekonštruovanými predmetmi a v priestore označenom ako „hvezdárske oddelenie“, boli vystavené hodiny, glóbusy, rôzne astronomické a vedecké prístroje a historické mapy. V roku 1932 k týmto priestorom pribudla ešte „cirkevná sieň“ s viac ako 100 exponátmi.
Druhý prehliadkový okruh múzea v miestnostiach Starej radnice sprístupňoval reinštalované historické zbierky a novo inštalované archeologické zbierky (prehistorické a rímske vykopávky). V roku 1932 bolo zriadené Bratislavské vinárske múzeum na prízemí Apponyiho paláca.
Proces sprístupňovania zbierok sa v roku 1937 zavŕšil na prízemí Starej radnice kompletným vystavením etnografickej zbierky získanej darom od Františka Krausa (vyše 200 predmetov), námestníka starostu mesta Bratislava. V tom istom roku bolo pri príležitosti 100. výročia smrti skladateľa J. N. Hummela (1778 – 1837) v dvoch miestnostiach jeho rodného domu na Klobučníckej ulici, ktorý bol vtedy považovaný na miesto jeho narodenia, otvorené malé múzeum.
1939 – 1945
Po vzniku prvej Slovenskej republiky zostalo múzeum naďalej súčasťou Vedeckých ústavov mesta Bratislavy. Na celospoločenskej úrovni sa začal uplatňovať vplyv nemeckej propagandy, ktorý viedol k posilňovaniu národného ducha a vlasteneckej výchovy.
Zbierkotvorná činnosť sa múzea zamerala na nadobúdanie výtvarných diela slovenských umelcov, zastúpených aj témami z dávnej minulosti Slovákov, a jej smerovanie poznačila aj orientácia na novú štátnu nacionálnu ideológiu vyzdvihujúcu „večné slovensko-nemecké priateľstvo“. Napriek tomu však v tomto období nedošlo k ideologickému prekvalifikovaniu jestvujúcich expozícií múzea a inštalované zbierky neodrážali novú politickú realitu.
Obsah činnosti múzea sa rozšíril aj na oblasť záchrany pamiatkových objektov mesta. Mestské múzeum realizovalo rozsiahlu rekonštrukciu kláštora klarisiek, kde sprístupnilo expozíciu špecializovaného cirkevného múzea.
Blížiaci sa front aktualizoval potrebu evakuácie zbierok múzeí. V priebehu decembra 1944 ministerstvo školstva a národnej osvety nariadilo najcennejšie objekty zo zbierok zbaliť a postarať sa o ich bezpečné uloženie. Úsilie vlády zo začiatku roku 1945, vyvolané tlakom nemeckej strany odsunúť pamiatky múzeí a cirkevných objektov pred frontom do Nemecka, sa nezrealizovalo aj vďaka konzekventnému postoju viacerých archivárov a pamiatkarov, ku ktorým patril aj vtedajší správca Mestského múzea Ovídius Faust. Múzejné zbierkové predmety a mestský archív sa vďaka tomu uchovali v posledných dňoch vojny v pôvodných priestoroch Starej radnice a Primaciálneho paláca.
1946 - 1960
Prípisy národného výboru síce požadovali zapojenie sa do budovateľského programu dvojročnice (1947 – 1948), ale v konkrétnych podmienkach múzea tomu zodpovedalo preverovanie zamestnancov, postupná úprava služobných pomerov a kladenie dôrazu na „rozpracovanie“ idey slovanstva ako obrany voči germánstvu. V akvizičnej činnosti naďalej pretrvával trend dominantného získavania predmetov umeleckého charakteru, nadobúdanie zbierok v tomto období však malo klesajúci trend.
Národný výbor po „februárovom víťazstve pracujúcich“ vyjadroval svoju nespokojnosť s ideologickou náplňou jestvujúcej expozície múzea. Nenaplnenie takýchto predstáv stálo pravdepodobne za odvolaním J. Kálmána z vedenia múzea v roku 1951. Povereným správcom múzea a kustódom historického oddelenia sa stal Alojz Mayer (1920 – 1993), ktorý múzeum viedol až do roku 1958.
V rokoch 1953-1955 došlo k postupnému zániku Vedeckých ústavov – mestský archív bol pričlenený k referátu vnútra, múzeum, vedecká a verejná knižnica zotrvali v referáte kultúry Ústredného národného výboru v Bratislave.
Kultúrna politika štátu sa menila na nástroj prevýchovy obyvateľov a presadzovania politických cieľov KSČ. Múzeá mali prispievať k budovaniu socializmu, dokumentovať socialistický pokrok a vychovávať nového socialistického človeka. Ťažisko agitačno-propagačného pôsobenia múzeí sa uskutočňovalo prostredníctvom oddelení a expozícií výstavby socializmu a cyklickým pripomínaním komunistických sviatkov (výročie Veľkej októbrovej socialistickej revolúcie, založenie Komunistickej strany Československa, oslobodenia, výročia Slovenského národného povstania, Februárového víťazstva a ďalších).
Od roku 1950 postupne prebiehala inštalácia novej historickej expozície v 16 miestnostiach komplexu budov Starej radnice a v susednom Apponyiho paláci. Novovytvorená expozícia bola prvým pokusom o prezentáciu dejín Bratislavy od jej najstaršieho osídlenia až po súčasnosť. Okrem uvedených expozičných priestorov múzeum v rokoch 1952 – 1955 disponovalo aj výstavnými miestnosťami na prvom poschodí Mirbachovho paláca a od roku 1953 aj reprezentačnými miestnosťami Primaciálneho paláca, v ktorých bola inštalovaná galerijná expozícia. V roku 1954 prebehla reinštalácia Pamätného domu J. N. Hummela.
Organizačnú štruktúru mestského múzea rozšírilo pričlenením dvoch múzeí – špecializovaných expozícií – ako jeho nových pobočiek, v rokoch 1957 a 1958: Múzea Janka Jesenského, ktoré bolo pôvodne riadené Slovenským múzeom, a Lekárnického múzea, ktoré malo mať celoslovenskú pôsobnosť. Rekonštrukcia pamätného domčeka ilegálnej činnosti Komunistickej strany Slovenska na Priekopách č. 73, ktorá sa realizovala v rokoch 1956 – 1959 a otvorenie expozície v roku 1960 bolo už začiatkom nového trendu v činnosti múzea – sprístupňovať pamätné miesta. Zároveň napĺňala predstavu požadovanej dokumentácie komunistického hnutia v súlade s kultúrno-politickou orientáciu Československa.
Nové predstavy o vlastivednej práci sa reálne naplnili vytvorením Mestského vlastivedného ústavu k 1. januáru 1959. Vznikol ako kultúrno-osvetové zariadenie na propagáciu, dokumentáciu a výskum vývoja spoločnosti a prírody s územnou pôsobnosťou Mestského národného výboru v Bratislave. Tvorili ho Mestské múzeum, Mestská galéria, Pamiatkové stredisko, Regionálna knižnica a hospodársko-administratívny útvar. Mestské múzeum malo zhromažďovať, uchovávať, vedecky spracovávať a vystavovať doklady o vývoji prírody a spoločnosti so zreteľom na územie Veľkej Bratislavy, ako aj mesta Bratislavy a bolo postavené na úroveň krajského múzea.
1961 - 1989
Na základe múzejného zákona nadobudla inštitúcia význam aj ako špecializované osvetové, neskôr kultúrnovýchovné zariadenie Mestského národného výboru. Múzeum sa stalo významnou súčasťou prezentácie mesta a z tohto dôvodu boli jeho aktivity zriaďovateľom aj patrične podporované.
Za najvýznamnejšie prezentačné aktivity sa považovali expozície, ktoré mali byť najdôležitejším prostriedkom politicko-výchovnej práce. Túto etapu múzeum začínalo s jednou expozíciou zameranou na dejiny mesta a vtedy ešte pobočkami, ktorými boli Múzeum Janka Jesenského, Múzeum farmácie, Pamätná izba J. N. Hummela a Pamätný domček ilegálnej činnosti KSS za okupácie. Postupne pribúdali ďalšie expozície a tie pôvodné prechádzali reinštaláciami. Realizácia týchto aktivít bola vždy spojená aj s rekonštrukciami objektov, novými akvizíciami, vedeckovýskumnou činnosťou. V tomto období sa podarilo pripraviť a sprístupniť 12 expozícií (expozícia dejín mesta, feudálnej justície, vinohradníctva a vinárstva, rodný dom J. N. Hummela, Janka Jesenského, farmácie, domček ilegálnej činnosti Komunistickej strany počas okupácie, zbraní a mestského opevnenia, Vajnorský ľudový dom, hodín, umeleckého remesla, expozícia antiky v Rusovciach), z ktorých podstatná časť je po reinštaláciách prístupná aj v súčasnosti. Mestské múzeum sa výraznou mierou podieľalo aj na tvorbe a realizácii expozície Izba revolučných tradícií v Dúbravke.
Múzeum pokračovalo v riešení úloh súvisiacich s pamiatkovou starostlivosťou. Začiatkom 60. rokov ukončilo investorskú činnosť na rekonštrukcii Bratislavského hradu, ktorá prebiehala od roku 1954. V roku 1964 začali práce na generálnej oprave Starej radnice. Postupne múzeum realizovalo pamiatkovú obnovu ďalších objektov pre svoje expozície. Realizovalo tiež rozsiahlu rekonštrukcia hradu Devín. Okrem toho v 60. rokoch 20. storočia vykonávalo aj ochranu prírody a správu verejných pamätníkov.
Dôležitou zložkou činnosti múzea sa stal terénny výskum. V 60. rokoch sa začal vykonávať systematický archeologický výskum, predovšetkým v Devíne (v areáli hradu, aj v obci). V polovici 80. rokov múzeum začalo realizovať archeologické výskumy v Rusovciach. Národopisný výskum sa zameral na niekdajšie priľahlé obce – dnes súčasti Bratislavy (Vajnory, Lamač, Záhorská Bystrica, Dúbravka).
Oficiálna akvizičná politika múzea vychádzala z dobovej tendencie dokumentácie života pracujúceho ľudu. V skutočnosti sa však zbierkové fondy rozširovali najmä o predmety dokladajúce život v meste bez ohľadu na sociálnu či politickú príslušnosť jeho obyvateľov. Artefakty nadobudnuté v zmysle deklarovaného zamerania tvorili iba zanedbateľnú časť z celkového počtu nadobudnutých artefaktov. Akvizície v 70. rokov 20. storočia patria k najpočetnejším v histórii múzea. Ročne sa jeho zbierky rozrastali priemerne o 2 000 predmetov.
70. roky a 80. roky sa v dejinách inštitúcie spájajú s veľkým rozmachom v oblasti prezentačnej činnosti. Okrem expozícií to bola bohatá výstavná činnosť a múzeum sa intenzívnejšie prezentovalo aj v zahraničí. Veľká pozornosť bola zameraná aj na kultúrno-výchovnú činnosť pre mládež i širokú verejnosť a spoluprácu s rôznymi kultúrnymi i spoločenskými organizáciami.
V súvislosti s prípravou nových expozícií sa systematickejšia pozornosť venovala konzervovaniu a reštaurovaniu zbierkových predmetov. Múzeu sa postupne podarilo vybudovať vlastné reštaurátorské dielne. Súbežne prebiehalo aj externé reštaurovanie v spolupráci s viacerými vtedajšími významnými reštaurátorskými pracoviskami.
Od roku 1965 začalo múzeum vydávať vlastný zborník – ročenku Bratislava, s podtitulom Spisy Mestského múzea (Acta Musei Civitatis Bratislavensis), ktorá sa stala významným periodikom, poskytujúcim priestor na publikovanie fundovaných vedeckých a odborných štúdií zásadného významu týkajúcich sa histórie Bratislavy.
Múzeum po roku 1990
Po počiatočnom útlme, spôsobenom nedostatkom financií, múzeum pokračovalo v pravidelnom nadobúdaní zbierok. Stabilným prírastkom sa okrem nálezov z archeologických výskumov v každom roku stali aj predmety nadobúdané darom. Súčasná profilácia zbierkového fondu vychádza z jeho základného členenia vytvoreného ešte v rokoch 1961-1984. V posledných desaťročiach múzeum nadobudlo množstvo artefaktov dokladajúcich rôzne úrovne života v meste, predovšetkým súbory predmetov pochádzajúcich z majetku bratislavských rodín s dôrazom aj na dokumentáciu druhej polovice 20. storočia.
Významným projektom múzea je tvorba nových expozícií. V roku 2002 vznikla expozícia Múzeum Arthura Fleischmanna prezentujúca život a dielo bratislavského rodáka a medzinárodne uznávaného sochára. V roku 2008 po ukončení rekonštrukcie Apponyiho paláca sa v jeho priestoroch otvorili dve nové expozície: Múzeum vinohradníctva a Múzeum historických interiérov. Po ukončení rekonštrukcie komplexu budov Starej radnice bola sprístupnená expozícia Múzeum dejín mesta.
Vo výstavných miestnostiach múzea v Starej radnici a v NKP hrad Devín sa uskutočnil celý rad divácky atraktívnych výstav múzea – vlastných i pripravených v spolupráci s inými inštitúciami, napríklad Slovenskou národnou galériou, Galériou mesta Bratislavy či Archívom mesta Bratislavy. V priebehu 90. rokov sa múzeum úspešne predstavilo viacerými výstavnými projektami i v zahraničí. Výpožičkami svojich exponátov participovalo na početných výstavách poriadaných inými inštitúciami doma i v zahraničí. K tým najvýznamnejším patrila výstava Crown of Bohemia inštalovaná v Metropolitnom múzeu umenia v New Yorku (2005), pod názvom Karel IV. Císař z Boží milosti inštalovaná v Prahe v roku 2006 či Sigismundus. Rex et Imperator v Národnom múzeu v Luxemburgu (2006).
Inštitúcia sa zapojila aj do medzinárodných projektov v oblasti archeológie, napríklad na projekte Frontiers of the Roman Empire (FRE) – Hranice Rímskeho impéria v rámci programu Európskej únie Culture 2000.
Múzeum stále viac vstupuje do povedomia verejnosti prostredníctvom bohatej škály kultúrnych podujatí. Od roku 1999 sú to predovšetkým Rímske hry, každoročne usporadúvané v areáli Múzea Antická Gerulata v Rusovciach. V roku 2008 vznikol projekt Múzeum žije!, vytvorený na podporu rozšírenia vedomostí a popularizáciu dejín Bratislavy. Predstavuje súhrn programov neformálneho vzdelávania a výchovy detí a dospelých, uvádza interaktívne podujatia so zameraním nielen na vzdelávanie v oblasti dejín, ale aj rozvíjanie zručností a vytváranie kritického historického vedomia u detí a mládeže. V zrekonštruovaných priestoroch Starej radnice začal od roku 2011 fungovať detský ateliér Múzeum má budúcnosť, ktorý každoročne pripravuje atraktívne projekty voľnočasových aktivít približujúcich regionálnu históriu.
Múzeum rozšírilo aj svoju edičnú činnosť. V roku 1998 po 22-ročnej prestávke bolo obnovené vydávanie múzejnej ročenky pod názvom Bratislava. Zborník Mestského múzea, resp. od zmeny názvu inštitúcie ako Bratislava. Zborník múzea mesta Bratislavy. V posledných rokoch sa stalo tradíciou aj vydávanie tlačených sprievodcov k vlastným výstavám a zborníkov z konferencií organizovaných múzeom. Úspešná je aj edícia Oživené učebnice k vzdelávacím programom pre mládež.
Súčasťou múzea je aj odborná knižnica, ktorá pravdepodobne vznikla vzápätí po založení múzea v roku 1868. Dôležitú súčasť fondu tvorí muzeologická a odborná literatúra či knihy vzťahujúce sa k dejinám mesta, tzv. posoniensiá, pochádzajúce od miestnych kníhtlačiarov a vydavateľov.
V roku 2018 oslávilo múzeum 150. výročie svojho založenia. Okrem výstavy venovanej dejinám múzea a viacerých aktivít zameraných na prezentáciu svojej činnosti sa podarilo vydať aj vedeckú monografiu pod názvom Vo víre dejín, ktorá podrobne mapuje vznik, formovanie a činnosť tejto inštitúci
